Prvi broj časopisa Hercegovina objavljen je 1981. u Mostaru. U razdoblju od 1981. do 1990. objavljeno je 8 brojeva, a izdavači predratnih izdanja časopisa Hercegovina bile su sljedeće institucije iz Mostara: Muzej Hercegovine, Arhiv Hercegovine i Regionalni Zavod za zaštitu spomenika i prirode. 

Časopis je koncipiran kao godišnjak za kulturno i historijsko nasljeđe, a u njemu su objavljivani prilozi iz arheologije, povijesti, etnologije i srodnih humanističkih znanosti. Urednik predratnih izdanja Hercegovine bio je tadašnji djelatnik mostarskog Regionalnog Zavoda, povjesničar umjetnosti, mr. sc. Anđelko Zelenika.

Nakon ratnih zbivanja u Bosni i Hercegovini časopis Hercegovina počinje ponovo izlaziti. Narodna knjižnica, Mostar u razdoblju 1995-2011. objavljuje 15 brojeva časopisa (glavni urednik mr. sc. Tomislav Anđelić), a paralelno Muzej Hercegovine i Arhiv Hercegovine iz Mostara objavljuju pet izdanja časopisa Hercegovina, zaključno s dvobrojem 15 i 16 iz 2003. (glavni urednik mr. sc. Šaban Zahirović).

Tijekom 2015. Odjel za povijest, Filozofskog fakulteta, Sveučilišta u Mostaru i Hrvatski institut za povijest u Zagrebu pokrenuli su novu seriju časopisa Hercegovina, kada je publiciran prvi broj novog izdanja. Novi časopis Hercegovina odlikuju znatno kvalitetniji dizajn, prijelom i tisak od prijašnjih serija, što čitatelju omogućava mnogo bolju preglednost teksta i prikaz slikovnih priloga. Časopis je koncipiran kao godišnjak, tako da nova serija izlazi redovito jedanput godišnje. Posebno je vrijedno istaknuti online dostupnost svih radova i prikaza objavljenih u novoj seriji časopisa Hercegovina na portalu znanstvenih časopisa Hrčak. Svi autorski radovi, prikazi i sažetci objavljeni u Hercegovini br. 1 (26) i br. 2 (27) mogu se preuzeti na sljedećem linku Hercegovina .